Zakażenia niosą szczególne zagrożenie dla płodu. Niezależnie od okresu ciąży, skutki zakażenia mogą być trwale widoczne w życiu pozapłodowym. Obserwowana patologia to zaburzenia organogenezy prowadzące do wad wrodzonych oraz zahamowanie rozwoju wewnątrzmacicznego do obumarcia płodu włącznie. U kobiet patogeny dróg moczowo płciowych często są przyczyną przewlekłych stanów zapalnych jajników, jajowodów i szyjki macicy.

U mężczyzn mogą spowodować zapalenia jąder, najądrzy i gruczołu krokowego oraz negatywnie wpływać na jakość nasienia. Zakażenia przewlekłe stanowią dodatkowy czynnik ryzyka rozwoju raka szyjki macicy.

Z uwagi na możliwość wystąpienia wielu poważnych powikłań, diagnostyka w kierunku STD (sexual transmitted disease) powinna zostać wykonana w przypadku nawet najmniejszego podejrzenia zakażenia tymi patogenami.

Należy podkreślić, że w wielu przypadkach zakażenie patogenami dróg moczowo-płciowych przebiega bez wyraźnych objawów klinicznych i dopiero jego skutki (niepłodność, poronienia, wady rozwojowe u płodu) zwracają uwagę na przebytą lub czynną infekcję.